由於自由軟體經常被誤認為免費軟體,部分人士認為應該重新定義這些為程式設計帶來躍進的「開放程式原始碼」的軟體。於是艾瑞克雷蒙 (Eric S. Raymond, ESR) 和布魯斯佩倫 (Bruce Perens) 在1998年成立了開放源碼促進會 (Open Source Initiative, OSI),並明確定義出開源軟體應有的特性、制定了現行自由/開源軟體常用的各種授權條款。
時至今日,自由軟體和開源軟體分別代表著兩種相似卻不同的理念,但許多軟體亦同時符合兩者的標準,所以有人將兩個詞結合在一起,通稱為「自由開源軟體」(Free/Open Source Software, FOSS)。