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一般在討論自由軟體時,「是否得與非自由軟體整合」是經常被提出來的問題,因為最早的 GNU 公用授權條款 (GNU General Public License) 為了確保自由軟體開放原始碼的精神繼續傳遞,除了對於與非自由軟體單純地連結而非密不可分的情形不加以限制之外,GNU 公用授權條款並不允許自由軟體與非自由軟體整合,目的是避免自由軟體在整合後成為非自由軟體,而減損其自由軟體的特性。但後來陸續發展出來的授權條款則非必然有此限制,部分的自由軟體授權條款為了增加自由軟體的佔有率來間接促進自由軟體的普及化,故在整合的條件上做出較為寬鬆的要求,詳細的規約要視不同的授權條款細則而定。
除了自由軟體與非自由軟體外,自由軟體與自由軟體之間也有類似的整合問題,整合之後的衍生著作有授權條款的選擇及相容性的問題要處理。例如,現有 A 程式與 B 程式,授權條款分別為 A' 與 B',現將 A 與 B 程式整合成為 C 程式,因為 C 程式同時為 A 與 B 的衍生著作,必須同時受到 A' 與 B' 之拘束,如果 A' 與 B' 不具相容性,則會影響到 A 與 B 是否得以整合。關於相容性之說明,請參考相容性一節。