在 BSD 開始發展的同時，理查‧史托曼 (Richard Stallman) 在 MIT 成立了 GNU（GNU's Not Unix）計畫和自由軟體基金會（Free Software Foundation, FSF）。而  Richard Stallman的創見之一 GNU General Public License 也於此時進行公開發表，進而引領新一波的自由軟體授權風潮。GPL的授權方式與BSD類授權方式對「自由」兩字的解讀迥然不同，GPL授權方式強調的「自由」是將使用、研究、修改、散布軟體的自由轉交予收受程式的後手，所以其要求利用 GPL'ed 自由軟體的程式也必須採用相同的授權條款釋出，這種方式推動著現今許多自由軟體社群的運作。Richard Stallman 對自由軟體運動的貢獻除了編撰GPL授權條款外，其亦以 GPL 釋出 Emacs 編輯器、GCC（GNU Compiler Collection）和 GNU Debugger 等許多自由軟體程式。此外，他所主持的 GNU Project 亦在 Unix 上提供一系列的自由軟體工具。

1998 年，在 Linux 佔有率提高，且「開放源碼」一詞開始大量於媒體曝光的同時，Eric S. Raymond（ESR）和 Bruce Perens 成立了開放源碼促進會這個組織（Open Source Initiative, OSI），給予「開放源碼」一詞更為確切的定義，並提倡更務實的推廣方式，這使得開放源碼促進會的立場和自由軟體基金會近乎社會運動的方式不同，兩個組織也因此有了嫌隙，Richard Stallman 認為開放源碼促進會抹去了自由軟體的社會運動本質，模糊了自由軟體的中心道德思想和自由性；而開放源碼促進會則認為Richard Stallman的說法表露了自由軟體基金會的理想化偏見，「自由軟體 v.s. 開放源碼」的戰爭，也成了自由軟體社群中時常筆戰的經典話題之一。雖兩個組織時有齟齲，但必要時亦會聯合抗敵，例如：2000年聯合對抗微軟對於 GNU GPL 的攻擊和2004年反抗 SCO 對 Linux 提起的訴訟等。