由於 Unix 中包含原始碼，使得研究機構可以修改並擴充 Unix，加州大學柏克萊分校的研究生 Bill Joy 就以此方式於 1977 年延伸出 BSD（Berkeley Software Distribution），BSD 一開始僅是 Unix 的外掛，並非完整的作業系統，一直要到了1983 年的 2.9 BSD 才首次作為一個完整的作業系統釋出。1991 年，BSD Networking Release 2 釋出，除去多數 AT&T Unix 的原始碼，成為 386BSD 和 BSD/386 的前身，此一主張同時主張其使用者不需再取得 AT&T 授權。這使得 AT&T 所屬的 Unix System Laboratories 向 Berkeley Software Design, Inc. 提起訴訟，造成 Networking Release 2 直到爭議釐清前都無法散布。USL v. BSDi 一案於 1992 年提出，1994 年達成和解，這期間導致 BSD 開發趨緩，使得另一個開放源碼作業系統 Linux 後來居上。

從80年代到90年代初期，開放源碼作業系統的發展主要都圍繞在改進 Unix 系統上，此時最重要的程式是由 MIT X Consortium 推出的 X Window，奠定了目前開放源碼作業系統視窗環境的基礎。到了1991年，一位來自芬蘭的 Linus Torvalds 無法滿足於現有的 Unix-like 作業系統，著手開發自己的作業系統核心，也就是後來 的 Linux kernel。 Torvalds 的 Linux kernel 一開始是基於 Minix 發展，因此十分仰賴 Minix 的 user space，但靠著 GNU Project 以 GPL 授權方式釋出的程式碼，Linux 和 GNU 程式開發者得以使用 GNU 的程式碼建立自己的 user space，而由於 GPL 的特性，Torvalds 必須將 Linux 改以 GPL 釋出，這個以 GPL 釋出的 Linux 就稱為 GNU/Linux — 成為現今所有 Linux 散布版本的前身，也是第一個能夠單獨完整運作的開放源碼作業系統。之後，Linux 趁著 BSD 團隊官司纏身的時期蓬勃發展，到了一九九四年，Red Hat 和 Caldera 透過商標權及服務收費的方式拓展開Linux應用的消費市場，同時展現了自由軟體的獲利能力；而 Debian Project 則提供純粹自由開發且免費的 Linux 版本，現階段的Linux散布版本呈現百家爭鳴的局勢，提供了使用者豐富多元的選擇。而 Linux 也是從1994到2000年間，唯一非微軟系統卻能提高市場佔有率的作業系統。